Con el transcurrir de los años, el artista fue uno de los principales referentes de la canción de autor en España.
Además de músico, Luis Eduardo Aute era director de cine, actor, escultor, escritor, pintor y poeta.
Durante los años de las últimas dos décadas de la vida de Luis Eduardo Aute fueron prolíferas.
En 2001 Luis Eduardo Aute, tras cinco años de intenso trabajo, dio a luz su película de larga duración Un perro llamado dolor, un proyecto de animación para el que realizó más de cuatro mil dibujos a lápiz.
El film se publicó en formato DVD acompañado de un disco con la banda sonora, compuesta por el propio Aute, Silvio Rodríguez, Suso Sáiz y Moraíto Chico.
La Fundación Salamanca Ciudad de Cultura le dedicó a Luis Eduardo Aute un homenaje titulado SemanAute, la mayor retrospectiva hasta la fecha del artista. Dentro de este homenaje, la exposición Aute. Transfiguraciones muestra su obra pictórica entre 1951 y 2001.
Al año siguiente, se publicó el libro Volver al agua, una recopilación de toda su obra poética, que incluyó los libros La Matemática del Espejo, La Liturgia del Desorden y Templo de Carne.
En 2003, Luis Eduardo Aute publicó el libro Alas y balas, en donde recuperó el tema La vida al pasar, un tema que en su día compusiera para Marisol.
Este mismo año salió el recopilatorio Auterretratos Vol. 1 que incluyó nuevas revisiones de temas clásicos de siempre. Dos años después salió la segunda parte de este trabajo, Auterretratos Vol.
Uno de los años más entrañables de su trayectoria fue 2005, Luis Eduardo Aute publicó animaLtresD, que incluyó más "poemigas" y dibujos en tres dimensiones para cuyo visionado se incluyeron unas gafas especiales y que, según el propio autor del libro, "no son dibujos surrealistas, más bien racionalistas". El libro, publicado por Siruela, se editó en el recopilatorio animaLhada, un libro que incluyó también un resumen de animaLuno y animaLdos más un CD y un DVD.
En 2006 Aute sacó un nuevo libro-disco, titulado Días de amores. El libro recogía la letra de unas setenta canciones de su repertorio que tienen como tema principal el amor. El CD que lo acompañó incluyó once nuevas versiones de canciones clásicas de su repertorio más el tema inédito A día de hoy, que dio nombre a su siguiente disco, publicado al año siguiente.18
A día de hoy (2007), producido por Tony Carmona, fue el primer disco de Luis Eduardo Aute con temas inéditos en cinco años, cuando se celebraban los cuarenta años desde su primera grabación. Incluyó doce canciones, entre ellas el Aleluya nº 8. Para acabar el año, Luis Eduardo Aute volvió a sorprender con la publicación de un nuevo trabajo, animaLhito, continuación de animaLhada, en el que presentó su nueva obra pictórica y literaria. El libro, con una tirada de 5 000 ejemplares, incluía un CD con más de treinta nuevas canciones de sus "poemigas", con arreglos y producción de Javier Monforte, salvo cinco de ellos, de Miguel Aute. El libro fue prologado por Alfonso López Gradolí. Por otro lado, se puso a la venta Humo y azar, una caja con dos CD y otros tantos DVD grabados en directo.
En 2008, colaboró en el tercer LP del rapero sevillano Haze, en el tema Juego de niños y en 2009, con el también rapero El Chojin en la segunda versión (remix) de la canción Ríe cuando puedas, llora cuando lo necesites, de su disco Cosas que pasan, que no pasan y que deberían pasar.
En 2009, Luis Eduardo Aute fue invitado a cantar en el concierto 25 aniversario en la música de la cantautora ciezana María Esperanza en el que ella le rindió homenaje. Esta actuación tuvo lugar dentro de la Semana Grande Cultural de Caja Murcia, en el auditorio Aurelio Guirao de Cieza.
En 2010, una vez más con la producción y el acompañamiento de Tony Carmona, publicó Intemperie, un nuevo disco con 14 temas inéditos.20
En 2012 puso a la venta El niño que miraba al mar, CD con 12 temas nuevos acompañados de un DVD con la película de animación El niño y el basilisco, obra del propio Aute.21
A fines de noviembre de ese mismo año, colaboró con María Dolores Pradera en su disco Gracias a Vosotros, interpretando a dúo el popular bolero Caminemos.
En 2013 colaboró en el LCD Manual para olvidados del poeta mexicano Paco Álvarez, musicalizando e interpretando el texto Aunque solo sea uno, En esta especie de libro - disco también participaron otros escritores y cantautores como Elena Poniatowska, Jaime Sabines, Tania Libertad y Santiago Feliú entre otros.
En 2014 editó Claroscuros y otros pensamientos, libro que recogió todas sus canciones publicadas hasta la fecha.
En 2015 recibió un homenaje por su trayectoria tanto en la música, como en la pintura y en el cine en la Mostra Viva del Mediterrani de València.
El 8 de agosto de 2016 el artista sufrió un infarto tras regresar a Madrid después de un concierto en Huelva. El infarto lo llevó a un estado de coma y a ser operado en el Hospital Gregorio Marañón, por lo que sus conciertos posteriores en España y Latinoamérica fueron suspendidos.22
El 16 de noviembre de 2018 se publicó un doble CD en directo titulado De la luz y la sombra, con 34 temas grabados en la última gira del artista en Madrid y México.
El 10 de diciembre de 2018, una veintena de artistas y admiradores, celebraron el concierto homenaje Ánimo Animal en el antiguo Palacio de los Deportes de Madrid. Entre ellos estuvieron Silvio Rodríguez, Joaquín Sabina, Joan Manuel Serrat, Ana Belén, Massiel, Víctor Manuel, Dani Martín, Jorge Drexler, Pedro Guerra, José Mercé, Rozalén, Andrés Suárez, Miguel Poveda, Ismael Serrano, Luis Pastor, Marwan, Vicente Feliú, Rosa León, Los Tambores De Calanda, Cristina Narea cómplice escénica de Aute durante dos décadas y Suburbano. El músico José Antonio Romero (colaborador de Víctor y Ana, Serrat, guitarrista y productor de Sabina) asumió la dirección musical.24 El artista y cantautor no pudo acudir a la cita, pero siguió de cerca los preparativos.25
En 2019, al igual que ocurrió en el WiZink Center madrileño, el día 2 de febrero se realizó en el Auditori del Forum de Barcelona el concierto Ànims Animal, el cual reunió a varios amigos de Luis Eduardo Aute que brindaron un sentido concierto para darle ánimos; entre ellos otros colegas de la cantautoría: Paco Ibáñez, Quico Pi de la Serra, Maria del Mar Bonet, Marina Rossell, Sisa, Roger Mas, Los Tambores De Calanda y artistas con un pie en otras estéticas, desde Estopa hasta Els Amics de les Arts, pasando por Quique González, Andrés Suárez, Ángel Petisme, Suburbano, Javier Gurruchaga y Depedro 26 que completaron el elenco junto a Cristina Narea, quien también ejerció de organizadora ejecutiva del concierto homenaje, bajo la dirección musical de Cope Gutiérrez, otro reconocido colaborador del cantautor.
Tras el infarto cerebral sufrido en 2016 falleció el 4 de abril de 2020 a los setenta y seis años en un hospital de Madrid, a causa de un infarto.
FUENTE: EUROPA PRESS

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